Tudo começou em 1939, quando, por decisão da Nunciatura Apostólica no Brasil, atendendo à solicitação da Arquidiocese de São Luís do Maranhão, na pessoa do Exmo. Sr. Arcebispo Metropolitano, Dom Carlos Carmelo de Vasconcellos Motta, foi criada a Prelazia para ser instalada na Baixada Ocidental do Maranhão.
Inicialmente, a cidade de Viana credenciava-se para receber a instalação da sede da Prelazia, mas, graças à interferência do desembargador Elizabetho Carvalho, reforçada pelos apelos do primeiro Padre pinheirense e Vigário de Pinheiro naquela época, Pe. Newton Inácio Pereira, ficou estabelecido que a cidade de Pinheiro sediaria a nova Prelazia.
Assim foi criada a nova Prelazia pela Bula “Ad maius Christifidelium” do Papa Pio XII, a 22 de julho de 1939, tendo sido desmembrada da Arquidiocese de São Luís do Maranhão e da Prelazia de São José de Grajaú, hoje Diocese de Grajaú. A Prelazia de Pinheiro foi confiada pelo Papa aos Missionários do Sagrado Coração, porém, os horrores da 2ª Guerra Mundial, em plena efervescência, impediram a vinda dos primeiros missionários.
Durante esses 7 anos que antecederam a chegada dos Missionários, foram nomeados 3 Administradores Apostólicos, sendo eles: Dom Carlos Carmelo de Vasconcellos Motta – Arcebispo de São Luís do Maranhão, para o período de 1940 a 1944, Pe. José Maria Lemercier, de 1944 a 1946, e o terceiro e último Administrador foi o Pe. Afonso Maria Ungarelli, MSC, que chegou a Pinheiro, chefiando o primeiro grupo de Missionários, durante os anos de 1946 a 1948.
A 25 de dezembro de 1943 foi feita a instalação oficial da Prelazia, por ocasião da Celebração da Missa de Natal, na Igreja Matriz de Pinheiro, presente o Arcebispo de São Luís, o Vigário de Pinheiro Pe. Newton Ignácio Pereira, o Cônego Frederico Chaves, Pe. Francisco Ribeiro, Pe. Antônio Dionísio, dois Seminaristas, além do Juiz de Direito, do Prefeito Municipal Dr. Antônio da Costa Rodrigues e grande multidão de fiéis.
A chegada dos primeiros nove Missionários italianos só se verificou a 15 de agosto de 1946. Eram eles: Pe. Afonso Maria Ungarelli, Pe. Hamleto de Angelis, Pe. Fernando Meloselli, Pe. Pedro Sambalino, Pe. Cornélio Maria Dan, Pe. Fiorino Fiorini, Pe. Augusto Mozzetti, Pe. Humberto Giungarelli e Frei José Preziosa. Eles vieram com o objetivo de prestar assistência espiritual e social neste território maranhense.
A nova Prelazia passou a abranger todos os Municípios litorâneos do Norte do Estado, a saber: Pinheiro, Alcântara, Cururupu, Guimarães, Bequimão e Santa Helena, até então pertencentes à Arquidiocese de São Luís do Maranhão, e os Municípios de Turiaçu e Carutapera, pertencentes à Prelazia de Grajaú. Mais tarde, por um Decreto da Congregação Consistorial, de 24 de fevereiro de 1958, também a Paróquia de São Bento passou a fazer parte da Prelazia de Pinheiro, e com seu desmembramento foram incluídas as novas Paróquias de Peri- Mirim e Palmeirândia. Dom Afonso Maria Ungarelli, um dos nove que chegaram, foi nomeado como 1º Bispo Prelado, cargo que exerceu por 26 anos: de 1949 a 1975. Dom Guido Maria Casullo trabalhou aqui como Bispo Auxiliar de Dom Afonso, por dois anos: de 1963 a 1965, depois fora nomeado Bispo da Prelazia de Candido Mendes, hoje Diocese de Zé Doca.
Dom Carmelo Cassati foi nomeado Bispo Auxiliar da Prelazia de Pinheiro em 27 de abril de 1970, sendo Bispo titular de Nova Germânia. Sendo aceita a renúncia de Dom Afonso por limite de idade, Dom Carmelo foi nomeado 2º Bispo Prelado em 17 de junho de 1975, permanecendo até 1979, quando teve que renunciar o governo da Prelazia por motivos de saúde. Voltou para a Itália, onde foi nomeado Bispo para três Dioceses e uma Arquidiocese. Ainda que longe do Brasil, pelo menos um pedaço do coração de Dom Carmelo ficou certamente conosco, como é provado pelo fato de que em 1994 enviou a Dom Ricardo Sacerdotes do seu Clero para tomarem conta da Paróquia de Santa Helena.
Ficando vacante a Prelazia em 12 de fevereiro de 1979 procedeu-se em 20 de fevereiro do mesmo ano na Paróquia de Santo Antônio e Almas de Bequimão a eleição do Vigário Capitular através dos membros do Colégio dos Consultores. A escolha caiu sobre o Pe. Bento Dominici, MSC que deveria responder pelo governo da Prelazia ate a nomeação e tomada de posse do novo Bispo.
A Dom Carmelo sucede Dom Ricardo Pedro Páglia, nomeado Bispo em 11 de julho de 1979 e ordenado Bispo no dia 7 de setembro de 1979. No dia 16 de outubro do mesmo ano, pela Bula “Cum Praelaturae”, o Papa João Paulo II elevou a Prelazia ao estado de Diocese, promovendo Dom Ricardo à condição de 1º Bispo Diocesano, cargo que exerceu até janeiro de 2013, portanto 33 anos.
Seis meses mais tarde, ou seja, a 17 de abril de 1980, quarenta anos e nove meses após a criação da Prelazia, é realizada a grande cerimônia de instalação oficial da Diocese de Pinheiro e da posse de seu primeiro Bispo Diocesano, Dom Ricardo Pedro Páglia, MSC.
A cerimônia se realizou às nove horas da manhã, na Igreja de Santo Inácio de Loyola, em Pinheiro, com a presença do Exmo. e Revmo. Sr. Dom João José de Motta e Albuquerque, Arcebispo Metropolitano de São Luís do Maranhão, de várias autoridades eclesiásticas e civis, entre elas, Dom Afonso Maria Ungarelli e Dom Guido Maria Casullo, dos Consultores Diocesanos, do Clero Secular e Regular, de Religiosas e de grande número de fiéis. Assim, o Exmo. e Revmo. Sr. Dom João José de Motta e Albuquerque instalou canonicamente a Diocese de Pinheiro e tomou posse da referida Diocese Sua Excelência Dom Ricardo Pedro Páglia, MSC.
Após renúncia de Dom Ricardo por motivo de idade, foi nomeado o 2º Bispo Diocesano, Dom Elio Rama, IMC que tomou posse no dia 27 de janeiro de 2013
Atualmente a Diocese de Pinheiro, que pertence ao Regional Nordeste V da CNBB, está organizada em cinco Setores, num total de vinte e três Paróquias e duas Áreas Pastorais, quais sejam: